1648-ban megözvegyült. I. Rákóczi György végrendeletében a teljes családi vagyon feletti rendelkezést rábízta. Sárospatakra költözött fiával, Zsigmonddal. Élete utolsó évtizedében az iskola és a református egyház patronálásával foglalkozott. Néhány héttel azelőtt halt meg, hogy idősebb fia, II. Rákóczi György halálos sebet kapott a fenesi csatatéren.

1660. április 18-án, házassága évfordulóján Lorántffy Zsuzsanna elhunyt – miként a krónikás Szalárdi János írja – „ez világbul szép csendes halál által kimúlék”. Sárospatakon helyezték végső nyugalomba. Halála egy korszak végét is jelentette. 

Menye, Báthory Zsófia férjét és anyósát a pataki templomba temettette, mivel a zűrzavaros időkben lehetetlen volt Lorántffy Zsuzsannát végakarata szerint férje mellé, a gyulafehérvári székesegyházba vinni.